si tu código es tal cual lo pones es obvio que de error, pues te faltan las comillas...
Código PHP:
// MAL
if (is_file(directorio/$file))
// BIEN
if (is_file("directorio/$file")) // ...
ahora, para que no andes batallando concatenando valores en tus comparaciones, camina el trecho corto: redefine tu variable, y continuas con tu código... así no repites sin sentido lo mismo, repitiendo el mismo error...
Código PHP:
$file = "carpeta/$file";
if (is_file($file))
{
if ( ! unlink($file)) echo "No se pudo borrar el archivo: $file";
else echo "Se borro el archivo: $file";
}
else echo "No existe el archivo: $file";