No hay dos llaves primarias hay una llave primaria compuesta.
La llave primaria es unica por definición y sus valores tambien, no hace afalta agregar le un indice unico.
Si tus edificios solo pueden entar una vez lo que debes hacer es definir el codigo_edificio como clave primaria y no entrar edificios repetidos, o definir el codigo edificio como auto increment y no dar el valor en el momento de hacer un insert, ya pondra el el nuevo codigo...
Si el codigo de edifico tiene alguna estructura especifica mas compleja puedes mantener el id_edficio como auto inc y PK y luego definir un indice unico sobre codigo_edificio
En este ultimo caso el codigo_edificio incluso podria ser alfanumerico