Directorio con muchos archivos

[AlvaroG]

Yo no creo que vayas a tener problemas de lentitud debido a la cantidad de archivos.
De todas formas, por organización quizás quieras separar los archivos por carpetas, una forma posible es hacerlo por miles:

imagenes/0/(archivos de 0 a 999)
imagenes/1/(archivos de 1000 a 1999)
imagenes/2/(archivos de 2000 a 2999)

Cómo hacer esto ya depende de tu sistema.

Saludos.