llamar a una parte de codigo que tengo en un .js

[Tecktonikrazy]

No se ve el resto de la pagina por que usas document.write() lo cual sobreescribe el codigo de todo el documento y lo sustituye por lo que indicaste. Modifique tu codigo un poco y si funciono, esto es lo que hice, espero haber ayudado

<script type="text/javascript">
function hora(){
var fecha = new Date()
var hora = fecha.getHours()
var minuto = fecha.getMinutes()
var segundo = fecha.getSeconds()
if (hora < 10) {hora = "0" + hora}
if (minuto < 10) {minuto = "0" + minuto}
if (segundo < 10) {segundo = "0" + segundo}
var horita = hora + ":" + minuto + ":" + segundo
document.getElementById('hora').firstChild.nodeValue = horita
tiempo = setTimeout('hora()',1000)
}

function inicio(){
document.getElementById('reloj').innerHTML = '<span id="hora">000000</span>';
hora();
}

window.onload = inicio;
</script>


<table width="150" border="1">
<tr>
<td id="reloj" height="25" align="center"></td>
</table>

Si te das cuenta agregue un id al td de la tabla para que se pueda agregar el span id="hora" con innerHTML