no es necesario que lo tengas como principal, solo conectalo como esclavo y entra al setup àra verificar si lo reconocio, luego usa un disco de arranque (de preferencia el de w98) entra al fdisk para particionarlo (es recomendable que lo particiones), si nunca has particonado un disco te recomiendo que leas antes de hacerlo:
http://www.arrakis.es/~albino/fdisk.htm
es recomendable que lo particiones ya que tendras una mejor organizacion de los archivos.
Ahora para tratar de que cometas errores al particionar y/o formatear te recomiendo que saques tu disco maestro (el de los 6gb) y pongas tu disco de 80 Gb como maestro, luego arrancas con el disco de inicio:
usas el fdisk y particionas como lo quieras: 20-20-20-20 o 50-30 o 40-40, etc etc