Hola ClaudiaSol:
Yo también te doy la bienvenida.
Aunque creo que si que se pueden mover los popups (esas ventanas que se crean con window.open)... porque está el método moveTo y moveBy del objeto window...
Creo que si mueves un popup en una página, pierdes el "foco" de la otra, y viceversa... tal vez sea mejor usar capas.
De todos modos, no tengo mucha experiencia en el tema, pero si sabes de algún ejemplo de lo que quieres, pon un enlace para verlo.
Saludos