Hola.
No entiendo bien el contenido de tu duda.
Supongo que en tu sitio los artículos los incluyes en distintas categorías y por eso google no te indexa todas las páginas.
Leete temas relacionados con la etiqueta canonical, te pueden ayudar a resolver el tema del contenido duplicado.
Te dejo un enlace interesante de google.
http://www.google.com/support/webmasters/bin/answer.py?hl=es&answer=139394
Espero te sirva