El problema no es cakephp, es o bien como estas armando la tabla o el parser de TCPDF, igualmente ahora veo lo mismo que antes, el cierre del tr donde esta ?.
Código PHP:
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if(isset($estu['Planilla'])) { $tablaHTML .= '<td><table border="2">';
foreach($estu['Planilla'] as $estu) {
$tablaHTML .='<tr><td>'.$estu['numplanilla'].'</td></tr>';
}
$tablaHTML .= '</table></td>';
}
$tablaHTML .= '</tr>';
...