Podria ser la forma en la que lo estas armando, por cada planilla estas generando una tabla, esto es asi ? o deberia ser una tabla para las planillas ?, entiendo que seria lo último, teniendo esto en cuenta podria ser algo así:
Código PHP:
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if(isset($estu['Planilla'])) { $tablaHTML .= '<td><table border="2">';
foreach($estu['Planilla'] as $estu) {
$tablaHTML .='<tr><td>'.$estu['numplanilla'].'</td></tr>';
}
$tablaHTML .= '</table></td>';
}
...
Saludos.