Intentando aclarar un poco lo que dice quinqui (con perdón, que creo no queda claro).
Cuando subes un archivo por un formulario, el servidor lo coloca en un directorio temporal indicada en la directiva que mencionas. Ese es asunto DEL SERVIDOR, del administrador de la máquina.
Si tu intención es especificar la ubicación final del archivo, tienes que hacerlo con código mediante la función move_uploaded_file(). A ti como programador NO DEBE afectarte la ruta donde se coloque temporalmente el archivo, ese es un asunto de administración del sistema --operativo--.
www.php.net/features.file-upload
¿Es eso o en verdad es un asunto de administración?