Esta todo en la sección
Tools del manual,
Reverse Engineering(para generar Yml, Xml, etc...), y para generar las entities
doctrine orm:generate-entities, esto depende del driver que tengas configurado en el cli, si estas utilizando el ejemplo que pasaste anteriormente, mapea a partir de annotations, si queres que sea a partir de Yml, deberias cambiar al driver correspondiente(YamlDriver).
Saludos.