Cita:
Iniciado por kseso? 
Debería ponerlo en línea y pasar un enlace a su realización para ver y reproducir el problema.
Sin ello, no se puede ver qué propiedades aplican y causan un efecto, ya sea por declaración expresa o por herencia.
Bueno eso no es posible de momento ya que todavía no he publicado la web. Pero le queda poco.
Lo que sí puedo es subir el código XHTML y el CSS que se le aplica a la página.
Yo opino que para IE el heigh es el 100% + los margenes. Porque es evidente que se respeta el tamaño total de la página y luego el padding auto funciona perfectamente.
Cuando la página no llega a completar la ventana de IE el margin auto cubre el sobrante. Cuando la página es más grande que la ventana entonces en lugar de ajustarse al 100% de la página el pádding-bottom es como si tuviera aplicado un min-height. Así que voy a descartar de donde procede y ahora comento.
Antes he dicho que ese extra que ocupaba la zona que sería del margin-bottom era como los margenes verticales sumados, pero existe otra posibilidad y es que sean como la página ocupando toda la ventana del navegador, que reducirse el tamaño de la ventana permanecen como esta estando maximizada.