Al parecer alterar el valor wmode a traves de js sin recargar el object no surte efectos, asi que vamos a probar algo:
Código Javascript
:
Ver original$(document).ready(function(){
$('embed').attr("wmode","transparent").wrap('div');
});
Igualmente creo que la solucion mas adecuada seria parsear el html con DOMDocument, agregar el nuevo atributo y luego guardar en la BBDD.
Probalo y nos comentas.
Saludos.