No deberia darte problemas, igualmente primero asegurate que no hay id's repetidos y segundo asignale un scope para separar las queues, algo asi:
Código Javascript
:
Ver originalonComplete: function(){
new Effect.Pulsate('cfx', { pulses: 5, duration: 2.5, queue: { scope: 'cfxscope' } });
new Effect.Pulsate('cfa', { pulses: 5, duration: 2.5, queue: { scope: 'cfascope' } });
new Effect.Fade('cfa', { duration: 3.0, queue: { position: 'end', scope: 'cfascope'}});
}
Prueba y nos comentas.
Saludos.