a ver, aquí tienes un problema grave...
recuerda que php no tiene interfaz gráfica, se ejecuta en el servidor... de modo que buscar hacer eso con php esta gravemente equivocado...
la solución, y que ya has visto -
igual yo- es usar Javascript, osea.. así es como funciona esto, pues el navegador en si es una interfaz gráfica, dicho así...
busca los siguientes términos:
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jquery image cropping plugin
al final, los cálculos se hacen en el navegador, y a php solo debes pasarle las coordenadas...