Esa es la pregunta que una vez me hice y esta es la forma como lo resolví:
1.Primero creas el objeto object donde quieres en tu pagina asp.net. (es importante que contenga la etiqueta embed porque sino no carga la animacion).
<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000"
codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=9,0,28,0"
width="964" height="333">
<param name="quality" value="high" />
<embed id="IndexSWF" runat="server" quality="high" wmode="transparent" pluginspage="http://www.adobe.com/shockwave/download/download.cgi?P1_Prod_Version=ShockwaveFlash" type="application/x-shockwave-flash" width="964" height="333"></embed>
</object>
Como vez la etiqueta embed tiene un id porque esta cargara dinamicamente la propiedad src.
2. En el load de la pagina (*.aspx.cs), colocamos el siguiente codigo:
IndexSWF.Attributes.Add("src", "../ruta/" + animacion);
Donde "animacion" se entiende que es una cadena que contiene el nombre de tu animacion (esta la obtendras desde la bd, ya veran ustedes como).
Espero les sea útil, Hasta la próxima.