Lo que tienes que hacer es utilizar una Mascara en Photoshop.
Fijate:
http://www.maestrosdelweb.com/editorial/photomask/.
Sino te hago un tuto rapido:
- Nuevo Documento
- Importar la imagen a la que se le quiere hacer el degradado transparente a una nueva capa
- Seleccionar la opción máscara
- Con la opción máscara seleccionada elegir la herramienta de color degradado
- Pintar haciendo un degradado de manera que quede como nosotros queramos.
- Listo! Puse otra imagen atras para que se vea la transparencia.