Llamar a funcion javascript desde ASP.net

[Diclonius]

Salu2 amigo la razon del porque tu script javascript se ejecuta hasta la segunda vez que lo ejecutas es debido a que la primera vez a penas le estas diciendo que agrege el evento onclick e cual en este caso seria el atributo tal y como pones en este codigo que compartiste: btnGuardar.Attributes.Add("onclick", "javascript:subWinImprimirTrans();").

Te recomiendo (si no estas usando AJAX) que agreges el attributes.add en el evento onload de la pagina de esta manera desde que la pagina se ejecute el evento estara siempre presente o mejor aun si es utilizando controles de servidor asp.net agreges mejor el script en el evento onclientclick el cual solo podras verlo en el lado del cliente (editor HTML).

En cuanto al parametro te recomiento inyectes el dato directamente en la funcion de esta manera: function subWinImprimirTrans(TU PARAMETRO) y al momento que lo mandes a llamar del lado del servidor solo remplazas la variable. La otra forma seria guardar tu dato en un campo oculto y mandarlo a llamar en la funcion de esta forma estoy 100% seguro que te funcionara sin embargo para llamarlo necesitaria saber si estas utilizando paginas maestras o estas trabajando de forma tradicional.

Espero averte aclarado un poco, salu2.