Error

[gnzsoloyo]

A veces es mejor usar algún software con parseo de sintaxis y escribir la sentencia en forma estructurada. De ese modo los errores se vuelven visibles. To te recomiendo usar MySQL Workbench, que puedes descargar de la página oficial.
En tu caso tenías un ON mal puesto en el INNER JOIN, y además mal cerrados los últimos paréntesis (muchos de los cuales eran innecesarios).
Quedaría mas o menos así:

Código MySQL:

SELECT
    ot.ordtracodigo,
    ot.ordtrafecgen,
    ot.plantacodigo,
    ot.sistemcodigo,
    ot.equipocodigo,
    ot.componcodigo,
    ot.tipmancodigo,
    ot.ordtradescri,
    ot.ordtrafecini,
    ot.ordtrahorini,
    ot.ordtrafecfin,
    ot.ordtrahorfin,
    ta.usuacodi,
    ta.tiptracodigo,
    ta.tareacodigo,
    ta.usutarcodigo,
    ta.prioricodigo,
    tb.otestacodigo,
    ot.tipfalcodigo,
    subzona.subzoncodigo,
    zona.zonacodigo,
    ot.solsercodigo
FROM
  sistema INNER JOIN
    (SELECT
        tareot.ordtracodigo,
        tareot.otestacodigo
    FROM
        tareot INNER JOIN
          (SELECT
              ordtracodigo,
              MAX(tareotsecuen) AS tareotsecuen
          FROM tareot
          WHERE
              (ordtracodigo IS NOT NULL)
          GROUP BY ordtracodigo) AS ta1
          ON tareot.ordtracodigo = ta1.ordtracodigo AND tareot.tareotsecuen = ta1.tareotsecuen
    ) AS tb INNER JOIN
    (SELECT
        tareot.ordtracodigo,
        usuariotareot.usuacodi,
        tareot.tareacodigo,
        usuariotareot.usutarcodigo,
        tareot.tiptracodigo,
        tareot.prioricodigo
    FROM
        tareot
        INNER JOIN ot ON tareot.ordtracodigo = ot.ordtracodigo
        INNER JOIN usuariotareot ON tareot.tareotcodigo = usuariotareot.tareotcodigo
     WHERE
         (tareot.tareotsecuen = '0' AND usuariotareot.usutarlider = '1')
     ) AS ta ON tb.ordtracodigo = ta.ordtracodigo
     INNER JOIN ot ON ta.ordtracodigo = ot.ordtracodigo AND sistema.sistemcodigo = ot.sistemcodigo
     INNER JOIN subzona ON sistema.subzoncodigo = subzona.subzoncodigo
     INNER JOIN zona ON subzona.zonacodigo = zona.zonacodigo
WHERE NOT tb.ordtracodigo IN
    (SELECT ordtracodigo 
    FROM reportot 
    WHERE reportcodigo IN 
        (SELECT reportcodigo FROM cierreot WHERE ordtracodigo = tb.ordtracodigo
        )
    );