Hola,
es más un tema de organización para tener todos los ficheros de configuración dentro de un mismo directorio. Gracias de todas formas por la ayuda.
Después de muchos intentos al final lo he conseguido. Os lo explico por si alguien se encuentra en una situación similar. He hecho los siguientes cambios:
1. Eliminar del web.xml el servlet-name con nombre "Inicializar".
2. En ese mismo web.xml, he modificado el filter de struts por este, que es donde le paso los parámetros que le pasaba al servlet del punto 1:
<filter>
<filter-name>struts2</filter-name>
<filter-class>es.rakilinda.web.servlet.StrutsFilter</filter-class>
<init-param>
<param-name>log4j-init-file</param-name>
<param-value>WEB-INF/config/log4j.xml</param-value>
</init-param>
<init-param>
<param-name>struts_config_dir</param-name>
<param-value>WEB-INF/config/struts</param-value>
</init-param>
<init-param>
<param-name>literales_dir</param-name>
<param-value>WEB-INF/config/literales</param-value>
</init-param>
</filter>
3. Después me he creado la clase StrutsFilter que hereda de StrutsPrepareAndExecuteFilter y he sobreescrito el método init para que haga lo que hacía el servlet de Inicializar y después llamo al init de la clase padre.
Con todo eso he conseguido que me coja los ficheros de struts en el directorio que quería.
Espero que le sirva a alguien.