Hola:
Verás, como no tengas en algún rincón de tu página cosas que fastidien el código, o que tengas javascript desactivado, o no te has fijado bien en tus arreglos y/o respuestas, no se me ocurre nada...
Código:
<head>
<title>Exploradores del ISSSTE - SIREG - Ficha de Registro Nacional</title>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<link rel="stylesheet" href="../formato.css" type="text/css" >
<!--- Verifica Contraseñas antes de Enviarlas --->
<SCRIPT LANGUAJE="JavaScript">
function validar(){
cont1=document.formulario.clave1.value;
cont2=document.formulario.clave2.value;
if(cont1!=cont2) {
alert("Las contraseñas no Coinciden, Favor de Verificarlas");return false;}
else {
alert("¡Contraseñas Correctas!, Han sido Actualizadas");return true;}
}
</SCRIPT>
</head>
<body background="../fondo5.gif">
<h2><center>Panel de Control Personal</center></h2>
Escriba la contraseña nueva con Maximo de <b><u>20 </u></b>caracteres y haga click en Cambiar.<br>
<form name="formulario" method="POST" action="cambiapas.php" onsubmit="return validar();">
<b>Contraseña Nueva : </b><input type="password" name="clave1" MAXLENGTH="20" class="formulario1">
<b>Verifique Contraseña : </b><input type="password" name="clave2" MAXLENGTH="20" class="formulario1"><br>
<input type='hidden' name='email' value="<? echo $email ?>">
<input type="submit" value="Cambiar">
...y lo de cerrar bien el script (en tu código faltaba cerrar las llaves de la función...
Te recomiendo de paso que pruebes tus códigos en navegadores que tengan consola javascript o consola de errores...
Saludos