El problema es el mismo, el código afecta a prototype o jQuery?, por como lo estas utilizando entiendo que es jQuery y por lo tanto deberías cambiar los $ por jQuery.
Código Javascript
:
Ver originaljQuery(document).ready(function() {
//Speed of the slideshow
var speed = 3500;
//You have to specify width and height in #slider CSS properties
//After that, the following script will set the width and height accordingly
jQuery('#mask-gallery, #gallery li').width(jQuery('#slider').width());
jQuery('#gallery').width(jQuery('#slider').width() * jQuery('#gallery li').length);
jQuery('#mask-gallery, #gallery li, #mask-excerpt, #excerpt li').height(jQuery('#slider').height());
//Assign a timer, so it will run periodically
var run = setInterval('newsscoller(0)', speed);
});