Lo tengo así ahora mismo y me funciona carrousel, scrollTo y java normal, (pero no funciona lightbox):
Código PHP:
<script src="js/prototype.js" type="text/javascript"></script>
<script src="js/scriptaculous.js?load=effects,builder" type="text/javascript"></script>
<script src="js/lightbox.js" type="text/javascript"></script>
<script type="text/javascript" src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.4/jquery.min.js"></script>
<script type='text/javascript' src='menu.js'></script>
<script type="text/javascript" src="./lib/jquery.jcarousel.min.js"></script>
<script type="text/javascript" src="js/jquery.scrollTo.js"></script>
<script type="text/javascript">
jQuery(document).ready(function() {
jQuery('#mycarousel').jcarousel({
vertical: true,
scroll: 2
});
});
$(document).ready(function() {
....codigo scrollTo
</script>
y parece que firebug me da este error: