La ultima librería en cargar debería ser JQuery:
Código Javascript
:
Ver original<script src="js/prototype.js" type="text/javascript"></script>
<script src="js/scriptaculous.js?load=effects,builder" type="text/javascript"></script>
<script src="js/lightbox.js" type="text/javascript"></script>
<script type="text/javascript" src="js/jquery-1.3.1.min.js"></script>
<script type='text/javascript' src='menu.js'></script>
<script type="text/javascript" src="./lib/jquery.jcarousel.min.js"></script>
<script type="text/javascript" src="js/jquery.scrollTo.js"></script>
<script type="text/javascript">
jQuery.noConflict();
jQuery(document).ready(function() {
jQuery('#mycarousel').jcarousel({
vertical: true,
scroll: 2
});
});
$(document).ready(function() {
...script de scrollTo
});
</script>
Si esto te falla deberías utilizar firebug para ver que error en concreto estas teniendo.