Pues es algo extraño por que asi funciona en mis apliaciones
no obstante te dejo una muestra:
Código vb:
Ver originalDim doc As XmlDocument = new XmlDocument()
// cargar documento xml, para este caso el nodo que requerimos
Dim NodoHijo As XmlNode = doc.SelectSingleNode("NombreNodo")
// Remover nodo
doc.RemoveChild(NodoHijo)
saludos.