fijate que en el evento clono la fila fuera del evento click de agregar y vos lo pusiste adentro
newTr = '<tr>'+$('#tabla tr').clone().html()+'</tr>';
podes sacarle el clone() y dejarlo asi
newTr = '<tr>'+$('#tabla tr').html()+'</tr>';
pero dejalo afuera, la idea es que cree el string cuando se carga la página cuando los campos esten vacios y una única vez
Cita: con la segunda hace lo mismo, pero con la tercera cuando se crea también se le borra la id y se pone el texto eliminar (como en la 1 y 2), pero debería de poner agregar y haberle asignado una id de forma dinámica.
no entendi y no se necesita id, para el botón eliminar le agrego la clase .eliminar