Para poder ver las capas sobre un flash debes usar el atributo wmode con el valor "transparent" en el código HTML del flash, este atributo debe ser agregado como etiquetas y embed.
si usas dreamweaver basta con ir al panel de Propiedades con el flash seleccionado y presionar el botón "Parámetros".
Parámetro =wmode
Valor=transparent
Si no usas Dreamweaver usa el inserta el parámetro en el código del flash dentro de la etiqueta <OBJECT>:
<param name="wmode" value="transparent">
y en la etiqueta <EMBED> agrega el parámetro:
wmode="transparent".
Esto no solo soluciona el problema de las capas sobre el flash, también hará que el fondo de tu flash sea transparente.