Supongamos que generas un nuevo input en el click de un boton:
Código:
$button.click(function () {
var $input = $('<input type="text"/>');
....
$input.aucomplete({
...
});
....
});
A eso me refiero cuando digo que agregas el autocomplete cuando lo creas. Segun lo que te he entendido, es mas o menos lo que quieres.