Bueno, al final he logrado que funcione, os comento.
Si pongo algo mas en un action de un botón que
se bloquea y ni muestra la barra ni hace nada. Poniendo solamente esa sentencia funciona perfectamente pero claro, no queda bien, es un botón extra para nada, la verdad es que no se por que no funciona si pongo algo mas, por ejemplo:
Código JAVA:
Ver originaljProgressBar1.setVisible(true);
algoritmoGenetico.execute();
resultado=algoritmoGenetico.get();
no muestra la barra, ejecuta bien y devuelve bien, pero la interfaz se queda congelada hasta que termina.
En fin, si no consigo otra solución lo pondré de la primera manera, aunque quede un poco peor (me obliga a instanciar, guardar el resultado, ect en otro botón).
Un saludo