Tampoco te estás explicando muy bien que digamos. A ver: Quieres que, si la diferencia de puntos entre "puntos_ant y puntos es de 50 o mayor a 50, el campo sanción cambie a 1.
El código que has adjuntado está mal. Te lo corrijo.
Código PHP:
Ver original<?php
include('conexion.php');
$id=$row[0];
$puntos=$row[2];
$puntos_ant=$row[3];
$variableresultado = ($puntos_ant - $puntos);
if ($variableresultado >= 50){
$query = "UPDATE user_pts SET Sanción='1' WHERE id='$id'";
}
?>
Esto debe funcionarte de acuerdo a la regla anterior.