Utiliza un condicional.
Suponiendo que el array que contiene los datos es la variable $variable:
Código PHP:
<?
$id=$variable[0];
$puntos=$variable[2];
$puntosant=$variable[3];
$variableresultado = ($puntos_ant - $puntos);
if ($puntos > 50){
$query = "UPDATE tabla SET sanción='1' WHERE id='$id'";
mysql_query($query, $conectar);
}
?>
No he comprobado si tiene error, es para darte la idea.