Ubicación script para cron

[ocp001a]

El problema es si es un script que requiera proceso, como un script de php, de qué manera lo ejecutas fuera de la carpeta donde estan los demás scripts? usualmente las tareas que tengo por cron no hay problema si alguien las ejecutara y las pongo en una carpeta de nombre poco usual, pero por si acaso, para las más sensibles les paso un parametro en la url (como por $_GET) a modo contraseña.