Perdón, fallo mío, no se debe cambiar el value. El atributo que buscas es checked, de manera que el label queda así:
Código PHP:
<label for="<?php echo $groupsFormName; ?>-<?php echo $uamUserGroup->getId(); ?>" class="selectit" style="display:inline;" >
<input type="checkbox" checked="checked" id="<?php echo $groupsFormName; ?>-<?php echo $uamUserGroup->getId(); ?>" <?php echo $attributes;?> value="1"<?php echo $uamUserGroup->getId(); ?>" name="<?php echo $groupsFormName; ?>[]" />
<?php echo $uamUserGroup->getGroupName().$addition; ?>
</label>
ASEGURATE DE DEJAR EL VALUE A 0 O 1, IGUAL QUE ESTABA ANTES, SI NO, NO FUNCIONARA CORRECTAMENTE.
Espero que te sirva, saludos