¿En qué clase va este método?

[cptanalatriste]

Creo que es más cuestión de estilo que de otra cosa, y no creo que ninguno de los enfoques esté mal.

Personalmente, si dices que es una actividad propia del Administrador yo pondría el método en esta clase, que reciba como parámetros una instancia de Profesor y otra de Departamento. En Java sería así:

public asignarProfesor(Profesor prof, Departamento dep);

Ahora, si te inclinas por poner el método en la clase Profesor, podrías implementarlo así:

public asignarDepartamento (Departamento dep);

Saludos, y espero sea de ayuda