En TopLink existen la Peristence Unit a la cual le das un nombre y de ahí partís con las Factory y EntityManager..
Estoy casi seguro que Hibernate también lo soporta..
Siendo así lo único que tendrías que hacer es duplicar el contenido del persistence.xml y crear las
Código Java:
Ver originalEntityManagerFactory emf = Persistence.createEntityManagerFactory("db_myISAM");
EntityManagerFactory emf2 = Persistence.createEntityManagerFactory("db_InnoDB");
Código XML:
Ver original<persistence-unit name="db_myISAM" transaction-type="RESOURCE_LOCAL">
<provider>oracle.toplink.essentials.PersistenceProvider</provider>
<!-- el resto.................
Código XML:
Ver original<persistence-unit name="db_InnoDB" transaction-type="RESOURCE_LOCAL">
<provider>oracle.toplink.essentials.PersistenceProvider</provider>
Espero te sirva de algo..