no es que no se recomiende segmentar tu web, sino saber segmentar
lo que realmente se necesite, tampoco se puede abusar de includes en php, porque implica más carga de procesos para el servidor y disminuye su rendimiento, además no es la única alternativa.
ten en cuenta que un buen diseño estructural de tu web te puede garantizar menos trabajos de edición (es más rápido cargar un include grande que 100 includes pequeños), como te indican anteriormente un copy & paste no viene mal de vez en cuando
