el cambio no lo haces con GD, pues se trata del nombre del archivo... y GD es una librería para tratar imágenes, no nombres de archivos...
lo que si te puede servir sería concatenar la extensión al final del nombre, previamente debes obtenerla, como te digo, no tiene que ver con GD...
te invito a
leer la documentación:
http://www.php.net/manual/es/ref.filesystem.php