Ok dejame ver si entendi, entonces si tengo "python" regresaría "PYthON" ?
Si es así, entonces te recomendaría checar tu for.
Código Python:
Ver originaltext = "hola como estas, espero muy bien jejeje"
longuitud = len(text)
final = ""
for i in range(0, longuitud, 4):#Ir de 4 en 4, 2 para mayusculas y 2 para minusculas.
final += text[i:i+2].upper() + text[i+2:i+4]
print final