en debian puedes hacer uso de update-rc.d, para agregar y manejar el nivel de arranque. ejemplo.
Código:
update-rc.d nombre defaults
donde nombre es el que le hayas puesto a tu script de arranque.
esta opcione agreagara tu script a los niveles,
2345 y para parar el servicio en 016.
para mas detalles si tu caso es debian, man update-rc.d