mira, incluso los gestores para archivos comprimidos deben extraer temporalmente los archivos para poder manipularlos, así que ni imagines cosas que desconoces...
a ciencia cierta no se puede trabajar dentro del Zip...
¿solución?
¡ya la tienes!
extraes los archivos, procesas, comparas, analizas, etc... al final, puedes hacer lo que quieras con los archivos... borrarlos, volverlos a empaquetar, etc...