Encontre la solucion y me auto respondo por si a alguien le pasa, aunque seria bueno que alguien con mayor conociemiento explicara el porque. Por mi parte recien empiezo y estoy concentrado mas que como hacer x cosa que en como lo hace zend
Solucion:
En vez de hacer getResource('layout') lo hacemos a 'view'
Código PHP:
protected function _initNavigation()
{
$confignav = new Zend_Config_Xml(APPLICATION_PATH . '/configs/navegacion.xml', 'nav');
$container = new Zend_Navigation($confignav);
$this->bootstrap('view');
$view = $this->getResource('view');
$view->navigation($container);
}