Hola
Para llamar a un metodo de una clase o a objetos de Java, tienes varías opciones, puedes usar remoteobjects, webservices, ... y es como tu dices, hay que configurar el archivo web.xml.
Te paso un video-tutorial que a mi me vino muy bien para empezar a conectar flex y java:
http://www.jamesward.com/2010/02/23/...-basics-video/
Espero que te sirva.