no especificas como es que ocupas 50GB, digo si ese espacio lo ocupas sumando solo el SO mas programas instalados, o si le estas sumando archivos tipo fotos, vídeos, documentos, etc.
por lo general el software te crea un disco de recuperación (CD / DVD), lo que te permite, digamos en caso se dañe el SO, arrancar desde este disco y recuperar la imagen creada.
no he usado el programa que mencionas, pero en general, el poner la imagen creada en otra partición, es practico siempre y cuando no se dañe el disco duro, lo ideal en todo caso seria tener una copia en otra partición y una copia en otro medio, digamos un disco duro portátil, en DVDs o en un pendrive USB, dependiendo de que tan importante sea la información, podrías pensar en usar mas de 1, por ejemplo tener una copia en un disco duro portátil y otra en un pendrive USB o en DVDs.