Como sumar columna de tabla

[IsaBelM]

se me ocurre que cuando invoques a la función que hace la operación de subtotal, le añadas un ciclo for que recorra todos los td y con innerTHML obtengas el valor que hay impreso en cada subtotal. la iteración del for tendrá que ser, según el ejemplo que muestras, a cada 4 posiciones
for(var i = (indice primer subtotal); i < document.getElementsByTagName('td').length-2; i+=4)