se me han ocurrido 2 cosas
  1ª opcion 
crear dos arrays (o uno de dos dimensiones) que uno sea cada letra del abecedario y el otro el contador correspondiente a cada letra: 
char abc[2][28]
abc[0]={'a', 'b'............}     fila 1
abc[1]={0, 0,..............}     fila 2 
luego se compara letra por letra y si coinciden se suma 1 al contador correspondiente.   
2ª opcion 
comparar letra a letra 
creas un array que almacene los contadores de cada letra en la misma posicion que esta en el array que te dan  
Código:
    A   A   J   T   R   R   T    A    A   L   O   P 
       A   A   A   A   A   A    A    A   A   A   A   se comparan todas con la primera (A)
       +1                       +1  +1                  hay tres coincidencias => A 3 
                                                              
   A   A   J   T   R   R   T    A     A     L   O   P 
   A        A  A   A  A   A     A     A    A   A   A   se comparan todas con la segunda (A)
  +1                              +1   +1                  hay tres coincidencias => A 3 
A   A   J   T   R   R   T  A   A   L  O   P
J   J        J    J    J    J   J     J  J   J   J
                                                          +0    J solo se repite 1 vez  (el array 
de contadores empiezan todos con 1)
  el array de contadores quedara asi: 
  A  , A ,   J  , T...
{3, 3 , 1 , 2 , 2 .... } 
solo queda buscar cual es el numero mayor. en este caso el 3 
el 3 esta en la posicion contadores[0], la letra que buscamos estara en array[0] 
va a haber varios 3 pero te da igual por que todos coinciden en posiciones de A    
 P.D: No me ha quedado muy claro cuantos arrays hay, primero dices que uno y luego que varios... podrias explicarlo mejor?