Los "usuarios" que define lado2mx no tineen nada que ver con los usuarios del sistema operativo que son los que se refiere los que usas en tu .htaccess ..
Puedes usar la autentificación básica (o algo mas complejo si te metes con archivos de texto o BD) para los usuarios como te propone lado2mx .. Pero si quieres seguridad en tus archivos .. tan solo SUBELOS fuera de tu "Document root" (en un servicio de hosting suele ser el sitio/www ..) pon tus archivos fuera y quedaran incaccesibles desde
http://www.talsitio.tal .. pues ya no será un directorio de tu "www".
Un saludo,