El problema es que al actualizar, aparte de modificar la base de datos ( si es que necesitan hacer algún cambio en ella ), también modifican algunos archivos de WP, ya sea para parchear algún bug, o actualizar funciones obsoletas, etc..
Si ocurriese algún problema en la actualización., ya tendrías los archivos modificados y no sabrías qué archivos y cómo los tenías antes del proceso.
Al menos yo lo entiendo así, de cualquier forma la versión 3.0.3 es una miniactualización de la 3.0.2 para arreglar un problema con publicaciones remotas si no me equivoco.
Aprovecho para decir que me he encontrado este artículo sobre un bug:
http://ayudawordpress.com/vulnerabil...-en-wordpress/
Que supongo, ya estará solucionado en la 3.0.3, lo tengo que comprobar.
Salu2.