Hola,
A mi también me pasaba esto y cambiando los width y height en porcentajes conseguí que se ajustara a la pantalla según la resolución que tenga, quizás aquí me equivoque, si alguien puede confirmarlo...
Yo arregle poniendo un tamaño maximo de ventana de aplicación, de esta forma si es menor salen los scrollbar.
Código:
<mx:Application xmlns:fx="http://ns.adobe.com/mxml/2009"
xmlns:s="library://ns.adobe.com/flex/spark"
xmlns:mx="library://ns.adobe.com/flex/mx"
xmlns:services="services.*"
usePreloader="true"
maxWidth="1024" maxHeight="762"
verticalScrollPolicy="auto" >
A ver si existe alguien más que le haya pasado y nos comenta como resolverlo.
Un saludo.