Mmmmmm...
Cuando haces
Código PHP:
$arrayficheros[$i]=$ficheros;
$i++;
no es necesario usar el $i, simplemente haz:
Código PHP:
$arrayficheros[]=$ficheros;
y asi automaticamente vas rellenando el array.
Luego lo que no se es de donde sacas las variables $empieza y $termina, y que valor tienen. ¿las usas para algun sistema de paginado?. Si no es así simplemente usa un buche foreach().
Con respecto a lo del . y .. no creo que influya ya que al hacer el ereg() estas entradas se omiten.
Saludos!