Saludos
En tu codificacion lo unico que noto raro es que te conectas y desconectas al momento de realizar una sentencia, por que lo haces de esa manera?, no seria mas viable solo manejar una conexion y cuando termines de ejecutar todo cerrarla.
Por otro lado lo que puedes hacer es imprimir en pantalla la consulta
Código PHP:
Ver original$sqlReporte="select diags_clave, count(diags_clave)as cuenta FROM reporte WHERE ficha='$aa' and codigo='$bb' GROUP BY diags_clave ";
echo $sqlReporte;
y ejecutar en el phpmyadmin las consultas para saber si te estan retornando los resultados que esperas con el fin de revisar si es problema de la consulta